Historia

En el año 21XX, tras la tercera derrota de Sigma, dos grandes ejércitos Reploid existen para hacer frente a los Mavericks: Los Maverick Hunters y la Repliforce. Esta ultima es un estricto régimen militar encabezado por el General y su segundo al mando, Coronel. Las dos organizaciones colaboraron en varias ocasiones, y durante este tiempo Zero se hizo amigo del Coronel y la hermana de este, Iris.

Después de esto, una misteriosa figura encapuchada se reúne con el General de la Repliforce para decirle que los Maverick Hunters los han considerado como una amenaza significativa y que deben revelarse contra los humanos y los Maverick Hunters.

Poco tiempo después, la ciudad aérea Sky Lagoon es atacada y destruida por los Mavericks, haciendo que caiga sobre una ciudad que se encontraba debajo de ella, matando a millones de civiles, seres humanos y Reploids por igual. Debido a que la Repliforce estuvo presente en el área, los Hunters sospechan de ellos y le piden al Coronel que entregue sus armas y que los acompañe para ser interrogado. Al tener un gran orgullo, el Coronel se niega a obedecer y se va con su hermana. El General se siente indignado por las sospechas y comienza un golpe de estado para construir una nación sólo para Reploids. Aunque el General dice que sólo desea vivir en paz, sin perjudicar a los humanos, toda la Repliforce es considerada como un grupo de Mavericks, y los Maverick Hunters son enviados a detenerlos, iniciando así una guerra entre ambos grupos. Sin darse cuenta de que detrás de todo hay una misteriosa figura encapuchada que consiguió enfrentar unos contra otros, en un intento por acabar con ambos grupos.

Durante la batalla, Iris ayuda a Zero, mientras que X es asistido por el novato Double. Después de derrotar a varios miembros de la Repliforce, los Hunters luchan nuevamente con el Coronel y consiguen derrotarlo. La Repliforce fue al espacio para comenzar su nación, y los Hunters van tras su estación espacial. Jugando como Zero, te encuentras con Iris, quien está enojada por la muerte de su hermano y lucha contra Zero. Jugando como X, se descubre que Double es un espía enviado por la figura encapuchada y debes luchar contra él.

Los Hunters finalmente llegan con el General, y comienzan a pelear. De repente, el arma en la estación espacial se prepara para destruir la Tierra, y la figura encapuchada se revela como Sigma. Luego de un difícil combate, Sigma es destruido por los Hunters, pero el arma no puede ser detenida por ellos. Finalmente el General se sacrifica para detener el arma, y la explosión de la estación. Sin embargo, Sigma sobrevive en forma de virus en el espacio, y descubre Eurasia mientras intentaba regresar a la Tierra.

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